NUevamente este es un error de conceptos, ASP se procesa en el servidor y regresa HTML al cliente, por lo tanto en lo que estan tratando de hacer, nunca se escribe el HTML en el cliente, si quieren utilizar esa logica, deberian imprimir mediante ASP el script, y hacer una redireccion del lado del cliente, inmediatamente detener la secuencia de ejecucion de comandos desde ASP.
Código:
if condicion then
%>
Response.Write("<script language=""javascript"">")
Response.Write("alert('Hola Mundo');")
Response.write("location.href='archivo.asp';")
Response.Write("</script>")
Response.End
<%
end if