mi script no inserta todos los campos.

[frijolerou]

Debes definir la variable $inserta después de haber definido algún valor para $alumno y $cod_mat, no antes.

Código:

foreach ( $materias as $actual) 
{ 
    if ( $actual != "") 
        { 
         $cod_mat=$actual;
         $inserta="insert into inscriptos_lectivo (cod_alumno , cod_mat , ano_lectivo) values ( '$alumno' , '$cod_mat' , '$ano_lectivo')";
         mysql_query($inserta);  
         } 
}