Otra opción es usar el Adobe Media Encode del Premiere, te comprime hasta que le sale sangre al video
, claro que a mayor compresión menor calidad y tamaño, si lo que buscas es comprimir y comprimir ese te sirve, pero con el .flv no deberías tener problemas, su compresión es buena... Según en pruebas de video con Flash (en el foro de Flash), el Flash mismo comprime mejor que algunos convertidores .flv, así que con las opciones de importar video del Flash deberias de resolver el problema.
SauDOS