Y dónde te aparece eso??? Qué Flash usas?? a mi me aparece esto al importar un video a Flash (es el MX se supone que con el 8 es igual de simple)
Y es claro, tu ajustas la calidad a donde quieras, el tamaño a donde quieras, que se ajuste a la velocidad de fotogramas por segundo, que importe el audio ... ...
Cómo haces los .flv??? Lo importas, te vas a la bibloteca, propiedades, exportar, y lo guardas como .flv (esa es la compresión del Flash).
A ver, prueba.