Buena posible razon del error es por la version de tu mysql, ya que subconsultas solo funcionan a partir del 4.1.x en adelante, puedes ver la version haciendo un:
Código PHP:
//
mysql>SELECT VERSION();
ahora si no tal vez te funcione esto:
Código PHP:
//
SELECT
Divisiones.id_division
FROM
Divisiones LEFT JOIN PDivisiones ON Divisiones.id_division = PDivisiones.id_division
WHERE
Divisiones.id_division IS NULL
cya