Nada que no puedo solucionar un intval.
Sería algo asi..
Código:
<script>
function loquesea(){
var valor = <?php echo intval( tufuncionPHP() ) ; ?>;
}
</script>
Si es true te dará 1, y si es false 0. También podrías hacer un if, tipo:
Código:
var valor = <?php echo tufuncionPHP() ? 1 : 0; ?>;