Dices que es un árbol como el del explorador de windows. Si es como el explorador de windows (con carpetas anidadas) el secreto está en el diseño de tu base de datos.
Digamos que estás manejando
articulos.
Si tienes una tabla de puros artículos, cada artículo un campo que contiene el
id del artículo padre. Así, tu árbol podría tener muchos artículos anidados.
Fabrícate unas funciones que te realicen trabajos como:
Código PHP:
//
(int) function cuenta_hijos($id_articulo);
(array) function lista_hijos($id_articulo);
(int) function quien_es_el_padre($id_articulo);
...para facilitarte la vida al momento de conjugar PHP - JavaScript y no hacer un revoltijo de código.