Lo puedes hacer de la misma forma, pero en vez de añadir el filtro Subtitler, añades el filtro Logo.
Lo único es que este filtro pone el Logo en toda la película, no puede aparecer y desaparecer. Si quieres hacer eso, tendrás que cortar la película, ponerle el logo a un trozo, y luego volver a unir los trozos.