Puedes usar el algoritmo AES(Advanced Encryption Standard) que mysql te facilita con estas funciones AES_ENCRYPT() and AES_DECRYPT(), te dejo un par de ejemplos y tambien la pagina donde esta mejor explicado:
Código PHP:
//
mysql>INSERT INTO t VALUES (1,AES_ENCRYPT('text','password'));
mysql>SELECT AES_ENCRYPT('text','password2');
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...functions.html
cya