Hace poco me comentaron un caso igual... el proiblema es q los swf son "always on top", es decir q aunque pongas una capa encima y usando z-index, siempre va a estar por encima... La solución que se me ocurrió es crear otro SWF transparente para ponerlo encima...
La solución q brinda Macromedia está en
http://www.macromedia.com/cfusion/kn...fm?id=tn_15523 pero no sé si te va a servir