En tu servidor HTTP (Apache) tendrás que crear un servidor virtual y a ese servidor virutal (que atenderá las peticiones de tu domino que asignes) ese lo configuras con SSL para que todo quede encriptado.
Así en ese directorio (el Document Root que le asignes) que indiques en la creación de tu servidor virtual todo lo que coloques ahí: scripts PHP de proceso, páginas HTML, imagenes .. etc quedaran bajo SSL y podrás llamarlas y crear links hacia
https://nose/script.php
En general todo esa configuración es la que te "faltó" o no completastes:
http://users.net-uno.net/cmolina/docs/apache_ssl.html
Si tienes más dudas al respecto usa el foro de "Servidores Web" -> "Apache" .. Lo que corresponde a PHP como ya te he indicado referente al SSL es totalmente transparente.
Un saludo,