Pues haces algo tipo:
Código PHP:
<?
if ($loop_que_da_valores_categoria == $row['categoria']){
$propiedad="checked";
} else {
$propiedad="";
}
?>
<input type="checkbox" name="categorias[]" value="<? echo $loop_que_da_valores_categoria ?>" <? echo $propiedad ?>>
Un saludo,