Buenas, hacia mucho tiempo que no escribia por aqui, intentare aclararte todas tus dudas
La version 1.x de PHP-GTK corre sobre PHP4.x, es decir sobre cualquier version que no incluya el Zend Engine 2, esta version de PHP-GTK trabaja con GTK 1.2 y 1.3, la nueva versionde PHP-GTK2 trabaja como minimo con la version 2.6 de GTK+ y con la version PHP 5.1 de PHP, por ahora la segunda versión de PHP-GTK no esta en su modo estable, ni beta ni nada, pero es funcional, yo he trabajado mucho con ella y estoy colaborando en el desarrollo de la extension, si lo que quieres es trabajar con PHP-GTK2 bajo windows puedes visitar esta pagina
http://www.gnope.org, se trata de un instalador para windows que te deja preparado el sistema para correr tus aplicaciones con PHP-GTK2, en cuanto a lo de ejecutarlo mediante consola ... puedes hacerlo de varias maneras, todas ellas lo que hacen es hacer una llamada al sistema para correr el interprete de PHP, y como bien te dijo Cluster puedes hacerlo mediante un enlace directo o un archivo por LOTES (.bat)
Espero haberte aclarado un poco el funcionamiento de PHP-GTK con sus respectivas versiones.
Un saludo