Hola bandok-reload:
Debes abrir el popup con una variable, y luego aplicar el método close() con el retardo que quieres (setTimeout)...
var popup = window.open("miSitio.html", "miVentana", misOpciones);
setTimeout("popup.close()", 10000);
El 10000 que puse es la cantidad de milisegundos que tardará en ejecutarse la llamada (en el caso es el equivalente a 10 segundos)
Saludos
