La lógica es usar includes VIRTUAL en lugar de FILE.
<!--#include virtual="/includes/cabecera.asp" -->
Luego, referirse a las imágenes de manera relativa a la raiz del sitio:
<img src="
/imagenes/logo.jpg" border="0">
Y,
ElAprendiz, es lo mismo para las rutas físicas en el servidor (para conectarse a una BD o para manejo de archivos con FSO): Usar Server.MapPath("\bd\mibase.mdb")
Finalmente, no importa desde que nivel de carpeta se haga el include. Siempre va a funcionar.
Saludos