Para no modificar mucho tu trabajo podrias usar tu "session_register('autentificado')" como un array;
session_start();
session_register("autentificado");
$autentificacion["autentificacion"]="si";
$autentificacion["user"]=$rut;
Espero que te sea util.
Nota: verifica la veracidad de datos que recibes en tu Post porque al campo de usuario podrian agregarle sql que funcione en el query de verificacion de usuario.
bye
