En veces, pasa que un archivo mpg de ciertas características, sobrepasa las específicas para ser considerados formatos MPG para Video-CD, ó son para grabar en Super Video-CD, o queda en punto medio (flotando) en ambos estándares, dando como resultado que aparezca ese tipo de mensaje, aunque el más común es "El archivo que instenta grabar no es compatible con el formato de VCD" (seguido de una opción para marcar de "Desactivar ésta característica").
Primero prueba generando compilación de Super Video-CD. Es probable que con eso se corrija y te deje grabarlo sin tener que recodificarlo (es ahí donde se vá a tardar bastante tiempo).