lo q se refiere con
Cita: "todos los caracteres que tengan una entidad equivalente en HTML serán cambiados a esas entidades."
es q todo aquel caracter q se pueda codificar a html sera codificado por ejemplo un caracter como á en html es á a esto se refiere, y no todos los caracteres especiales tienen una entidad equivalente en html, por ejemplo el ' (comilla simple) no tiene entidad por ende tenes q usar alguna otra funcion para escaparlos pq si tenes q guardar en una BD te va a traer muchos dolores de cabeza, yo suelo usar, $cadena_corregida=htmlentities(str_replace("\'","\ \'",$cadena)) para salvar estas cosillas
obviamente q se pueden hacer o usar otras funcioens mas elavoradas como el caso de mysql_real_scape_string(), o addstripslashes(), creo q eran asi estas funciones no recuerdo bien :P
saludos y espero te sirva el consejo