Hola perrogrun:
 
Gracias por compartir tus conocimientos. Fíjate en estos foros que el tema es bastante recurrente (yo también lo traté en varias ocasiones 

 ) 
Hay una función que puede ayudarte mucho: "imagecreatefromstring"...
La idea es leer la imagen de forma binaria sin importar el formato (bueno, debe reconocerlo php) y luego puedes exportarla con imagepng... 
La verdad es que la transparencia en el redimensionado hay que tratarla con pinzas... 
Saludos 
