Estimado,
Podrás administrar tus bases de datos (crearlas, asignarles usuarios, cambiarles el password de acceso, etc, etc) o bien desde tu panel de control de cierta forma, o desde phpMyAdmin.
Respecto a la otra pregunta, SI, tienes acceso a las las bases de datos que hayas creado TU, pero no a ninguna carpeta, no esperes entrar por FTP y ver una llamada "MySQL"
, las bases de datos, como dije antes se administran en en la mayoría de los casos por phpMyAdmin u otra aplicación similar.
Saludos;