Hola
lomo. Bienvenido al foro.
Si es una ventana que has abierto con
ventana=window.open('tupagina.html') la puedes cerrar con
ventana.close()
También puedes cerrar la ventana principal (aunque pedirá confirmación) desde un pop-up con
opener.close()
Las ventanas que haya abierto el usuario por su cuenta no puedes cerrarlas con JavaScript.
Saludos,
