Desde mi punto de vista, los ingresos provenientes de la venta de software de terceros, no serían rendimientos derivados de la contraprestación de una actividad profesional (ver art.93.1 anterior), sino que serían una actividad empresarial (como la del tendero de la esquina, o el taxista).
Por similitud con lo que planteas, imaginemos un arquitecto (profesional independiente, que en este ejemplo, no presta sus servicios como trabajador por cuenta ajena), que aparte de dedicarse a hacer planos, diseñar estructuras, calcular resistencias, etc, etc, etc, y que minuta descontando la retención que debe practicar el cliente (bajo el supuesto de que el cliente final no sea un particular), se dedica también a comprar y vender material de construcción (ladrillos, cemento, y demás). Son dos actividades económicas diferentes, y en la primera minuta con retención, mientras que en la segunda no. Estará clasificado en 2 epígrafes diferentes, porque la primera es una actividad profesional, y la segunda, una actividad empresarial. Este ejemplo, me parece bastante esclarecedor.
Esta consulta distingue entre las dos opciones (software propio y ajeno), en cuanto al epígrafe en el que se incluyen.
PD: Esto que aquí te comento, lo he consultado con un asesor fiscal que trabaja en la misma empresa que yo, y opina de la misma forma, pero si te queda alguna duda, lo mejor es plantear una consulta en Hacienda.
Salu2