Pues extraño todo esto. Hasta donde yo se, que disco sera 1ro, 2do, o esclavo lo decide el
jumper. En cada disco duro hay un pequeño objeto plastico, que según la posicion en que lo pongas define si sera principal o secundario o esclavo. Pero si no has tocado nada, no sabria decirte cual es el problema, solo que con Partition Magic puedes arreglarlo.
Seguro que alguien con mas experiencia te ayuda.

Por cierto, ¿como encontraste el disco?