Hola silvanha, bienvenida al foro.
Pues creo que se podria hacer de dos maneras, (pero no estoy seguro):
1ª.- Comprimir la carpeta y subirla.
2ª.- Hacer un bucle con todas los archivos de la carpeta e ir subiendolo uno a uno.
Pero por lo que recuerdo cuando montas un formulario para subir archivos del tipo type="file", solo te deja seleccionar archivos no carpetas, con lo cual la cosa se complica mucho.
Asi que ahora me he quedado en blanco