Ya lo he conseguido.He puesto el puntero interno en la primera fila con la función mysql_data_seek.Qdedarí así:
Código PHP:
foreach($matriz as $valor)
{
while($row=mysql_fetch_array($result3))
{
if($row['codigo']==$valor)
echo "<a href='cursos.php?nombre_curso=$valor'>". $row['titulo']."</a><br>";
}
mysql_data_seek($result3,0);
}
....por si a alguien le interesa