Adhiero a la forma que dice
ZydRick, no hay necesidad de usar un "echo" para eso...
aun si tuviera que parsear algunos valores, seria mejor separarlo de PHP
Código PHP:
<?
// por aki codigo el php ke va antes de la funcion js
?>
<script type="text/javascript">aki la <?php echo $variable?>js</script>
<?
// por aki mas codigo php ke va despues de la funcion js
?>
Saludos!