Hola,
Debes pedirle a tu proveedor de hosting asistencia en este sentido.
Muchos tienen un límite de 1 MB a la variable max_allowed_packet, por lo cual no podrás subir tu archivo de 3 MB con phpMyAdmin.
Si lo subes por FTP, puedes pedirles que restauren ellos ese archivo .sql en la base de datos que les indiques.
Saludos.
