Hola,
Esto nunca lo he intentado, pero se me ocurre que podrías intentar comprimir el archivo .sql con esta herramienta, por ejemplo:
http://www.7-zip.org/
Lo comprimes como gzip, de manera que la extensión de archivo te quede como .sql.gz
Seguramente el archivo de quedará bien pequeño, así que podrías intentar subirlo de nuevo, de esta forma, usando phpMyAdmin, seleccionando la opción "Comprimido con gzip".
Saludos,