Hola:
No sé si se trata de una cosa que puse en las FAQs (no recuerdo cuál)...
Se trata de que la ventana padre tenga un nombre, y de no tenerlo, asignárselo...
Debes tener cuidado si se trata de un juego de frames o de ventanas independientes...
La ventana padre darle nombre...
window.name = "papi";
... y el enlace:
window.open(destino, "papi", ops); // ops son las opciones...
Vale para cualquier caso...
Saludos