Vale, ya está arreglado.
Resulta que para llevar el proyecto de Linux a Windows lo metía en un reproductor MP3 que tengo y que está un poco cascado, y en algunos de los archivos de configuración me cambió varios caracteres, como por ejemplo, poner <pagclass> en lugar de <tagclass> con lo que Tomcat no lo entendía.
En fin, lo que no me pase a mí...
Gracias de todas formas al que se interesara.