Ya he encontrado la solucion:
<documento>
<clasificacion> Ciencia </clasificacion>
<parrafo> Comunicación de </parrafo>
<url>--destino--</url>
<parrafo2 > COM ( 1988 ) 173 FINAL.</parrafo2>
</documento>
Sería:
<xsl:template match="parrafo2"><!--parrafo a linkar -->
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<fo:basic-link color="#0060A0" external-destination= "{../url}">
<xsl:value-of select="."/>
</fo:basic-link>
</fo:block>
</xsl:template>
Un saludo.