Hola, he visto ese problema.
No editaste el fichero php.ini bien y descomentaste esa linea. Revisa bien que el fichero php.ini sea el correcto (que yo recuerde bueno tuve un caso particular cuando istale php para IIFS (windows 2000 server) y el php.ini estaba en la carpeta php y en otro directorio (habian 2 uno de muestra y el otro era el autentico). Por eso cuando descomente en uno de ellos no funcionaba pero cuando descomente el otro todo quedo ok. Por si las dudas has un buscar php.ini en tu windows para ver si no es ese el caso.
yo particularmente lo hize eso en modo de pruebas, y llegue a conectar desde un linux a un ms-sql server (solo para consultas) via Free tds.
P.D. aqui te dejo un enlace sobre funciones para conectar con el ms-sql (php)
http://www.php.net/function.mssql-connect
Saludos
A. Acosta