Hola
Mira, al subir un archivo se crea un array asociativo multidimensional llamado $_FILES['nombre_de_varible'] y en él se encuentra disponible la variable $_FILES['nombre_de_varible']['type'] que contiene el MIME type del archivo que se sube, que para gif sería image/gif y para jpg image/jpeg, o eso creo, de todas formas aqui una lista de tooodos los MIME types
http://www.w3schools.com/media/media_mimeref.asp
Asi que simplemente haz que se cheque que $_FILES['nombre_de_varible']['type'] sea igual a image/gif o image/jpeg
Espero haber ayudado.
Saludos