Bueno antes que nada identifica cual es el virusito :)
www.virustotal.com <- manda uno de tus HTML's a que lo analizen online.. y postealo para ver si te podemos ayudar màs a quitarlo :) (sin informaciòn eso no es posible)
y ya si quieres desinfectar tus paginas puedes quitar el codigo y salvar el documento, eso si son pocas manualmente.. si sabes programar puedes hacer una tool que lo haga por ti... ya luego las grabas en un disco limpio antes de que el virusito te los infecte de nuevo.
no me gusta recomendar ningun antivirus... (a menos de que si me den trabajo en una empresa de esas jajaja)
pero bueeh.
puedes scanearte en linea en:
www.pandasoftware.es
un saludo.