Hola:
Supongo que el código es el de esta FAQ:
http://www.forosdelweb.com/showpost....&postcount=178
Al final de la precarga se ejecuta la función continuar()... pues entonces deberías ocultar la capa del porcentaje desde esa función....
function continuar() {
document.getElementById("estado").style.display = "none";
}
Saludos