Cita: que lo mejor es ahcerlo pero paginar los enlaces de 100 en 100
Si vas a crear un mapa de sitio en tu web, está bien hacerlo así de 100 en 100, pero si te referías al proyecto
Google Sitemaps, la idea es que les a Google el mapa completo de tu sitio, sin importar si son 3, 4900 o tres millones de páginas (creo que el límite es que el archivo antes de comprimir, pese menos de diez megabytes, pero chécalo en el link porque no recuerdo ahorita bien ese dato).
Para esto, si tu contenido es dinámico, vas a tener que hacerte una pequeña aplicación para generar SiteMaps, de manera que puedas anotar la fecha de última modificación y cada que le des a Google la versión actualizada de tu SiteMap en XML, éste sabe qué páginas visitará para indexar, es decir, sólo las nuevas que no tenga idexadas antes y las que hayan sido modificadas.
Hay herramientas que te generan tu sitemap y no te recomiendo ninguna de ellas, pues para empezar no pueden saber cuál fue la fecha de última modificación y tampoco la importancia que tienen y que tú le asignas a cada página.
Más información directamente con Google en el link que puse.