Gracias chicos por las respuestas,
debido a la urgencia del proyecto, he modificado el buscador para usar LIKE en lugar de MATCH() AGAINST() (búsquedas de texto completo) pero en cuanto pueda seguiré mirando el tema. Me he quedado mosqueado con la utilidad de este típo de búsquedas, por el cuándo es mejor usar búsquedas tradicionales (con like) frente a las de texto completo.
Seguiré investigando y ya os cuento
