Probá poner los valores entre comillas simples:
Código PHP:
<?
echo "<tr>
<td><font color='#59FF59' size='1' face='Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif'><a href='RecCor_Ext_CDI.php' onClick=\"nueva_ventana(screen.width,screen.height, 1,'$CodigoCo','$ConsecCo')\">".$CodigoCo."-".$ConsecCo."</a></font></td>
</tr>";
?>
Saludos.