Hola mveraa:
Cuando tú publicas tu película como HTML desde el Flash, te crea un código similar a éste:
<td width="400" height="250" valign="top"><object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="400" height="250">
<param name="movie" value="bandit.swf">
<param name="quality" value="high">
<param name="wmode" value="transparent">
<embed src="undercontruction.swf" quality="high" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="400" height="250"></embed></object>
La línea que está en negita auméntale al código que tienes.
Y si no lo haz publicado todavía ve al menú Archivo/Configuración de publicación activa la lengueta HTML y allí donde dice:
Modo de Ventana anre el combo y activa
Transparente sin ventanas, presiona los botones:
Publicar y
Aceptar.
Espero haberte sido de ayuda.