Dicho de otra forma ..
Piensa que PHP se ejecuta en el servidor y el resultado de su programación, algoritmos y demás código es lo que se entrega al "cliente" .. Así es como trabajan estos lenguajes del lado del "servidor" como PHP, Perl y muchos más.
Si ves esto claro .. te daras cuenta que para cuando PHP dió valor a tus varibles $prueba y demás .. lo que se entregará al navegador (cliente) será lo mismo que si tu "a mano" lo hubieras generado en una página estática.
Así que con "PHP" generas esa página HTML/Javascript "dinámicamente" .. pero sólo eso.
En tu ejemplo . .te falta un "echo" para "pintar" el valor de una variable ..
Código PHP:
<?
var cadena = <?php echo $dat[1] ?>;
var prueba = <?php echo $prueba ?>
Si te fijas en el código fuente generado por la ejecución de tu script en tu navegador (ver -> código fuente) veras de que se trata el tema .. (de que generas páginas HTML/etc dinámicamente ..)
Una vez entregada esta página generada al cliente .. este hará su parte ejecutando tu javascript cuando corresponda: ante un evento que sucede del lado del cliente .. o lo que sea.
Por otro lado tal vez te interes ver sobre las técnicas de "Ajax" (tenemos un foro dedicado a ese tema) .. Por qué me dá la impresión que es lo que andas buscando con ese tipo de interacción entre PHP y javacript .. Pero antes de meterte con "Ajax" te vendría bien recalacar estos conceptos de como PHP o un lenguaje del lado del servidor trabaja en general .. así veras si te combiene aplicar "Ajax" o no .. o como resolver un problema de esta indole.
Un saludo,