La función explode() lo que hace es genera un array . .si tu quieres presentar esa información como dices "un elemento debajo de otro" lo que deberías haber hecho es:
Código PHP:
<?
// asumo que $linea será una cadena (sin saltos de línea) con un separador "," (coma)
$datos=explode(',',$linea);
foreach ($datos as $email){
echo $email."<br>";
}
Por supuesto si tines otro elemento separador (como es ;) que define otro "campo" o propiedad de ese "registro" tendrás que aplicar primero otro "explode()" para ese caso y luego otro más (anidado) para los "e-mails" por ejemplo.
(Todo esto se aprecia mejor si expones un extracto de tu archivo . .tal cual es.. respetando sus saltos de línea si los tiene y sus "bloques" o "campos" que los compongan indicando que separador usas (caracter) y detallando que significan sus partes).
Un saludo,