Sí, claro que pierden velocidad si encriptan, debe deshacer la encriptación (de hecho, programas apartes se saltan el UPX).
Y cuando lo que hace es marear el código (añadir saltos, mover trozos de aquí a allá...) que es lo más fastidioso, gasta en los saltos, aunque esto no es apreciable.
El problema es que cualquier formulario de validación o similar no sirve para mucho, es muy fácil saltarlo y que deje de existir. Lo que importa es: ¿De verdad crees que van a crackearte tu programa de VB6?...