En cuanto a problemas de "time out" .. tu servidor HTTP (cual usas? .. IIS, Apache? ...) también puede imponer restricciones de tiempo de ejecución de tus scritps .. y no dependerá de PHP sino de quien lo controla: tu servidor HTTP. Indica cual usas para ver si hay directiva que gestione ese tema que debas ajustar.
Cita: Incluso en los que da tiempo a descargar añade siempre un '</body></html>' y que yo sepa, no hay código php que muestre nada después,
En general .. tanto tu servidor HTTP como PHP a la hora de presentar mensajes de error lo hace "formateando" su salida con HTML (sobre todo pasa en PHP si usas "display_errors = ON" .. Pero lo dicho .. no es sólo PHP quien hace ese tipo de cosas, lo hace también tu servidor HTTP.
Cita: Por cierto, ¿conviene que ponga también 'set_time_limit(0);' en la subida de archivos?
Si, .. PHP al subir un archivo pasa todo el proceso como ejecución del script en total (tiempo de proceso PHP + el del "upload" en sí). Tambien recuerda que PHP tiene limites de que tanta memoria puede asignar para la ejecución de un script (ver php.ini) .. y ese "total" es considerado incluyendo el tamaño del archivo que subas.
Cita: Así es como quiero trabajar, de momento está bajo un directorio apuntado por un servicio web.
No entiendo que es lo que llamas "servicio web" (será un "Servidor Virtual"? ...) .. Bueno .. el caso es que tu archivo a descargar que hace un "readfile()" ha de apuntar al archivo por su ruta absoluta completa. Supongo que $file .. la incluye: /var/www/SitioWeb1/ArchivosSubidos/ .. o c:/www/SitioWeb1/ArchivosSubidos/ .. o como corresponda. Como veras me refiero a "ruta absoluta" del servidor .. no al "raiz" "virtual" de tu "servicio web?" ..
Un saludo,