Deberias separar el codigo que guarda los checkbox que van siendo seleccionados del codigo que muestra el formulario en dos páginas distintas. De esa manera, deberias enviar los datos a una nueva página guardardatos.php que sólo realice eso: guardar los datos de los checkbox seleccionados y luego redirigir nuevamente a la página del formulario. El script para guarda los datos seria más o menos así:
guardardatos.php:
Código PHP:
<?
session_start();
//Aca colocas el codigo que actualiza la variable de sesion que contiene los checkbox seleccionados
header("Location: formulario.php?pag=numero"); //Redirige al formulario que muestra los checkbox
?>
De esta forma, no tendrías problemas si alguien intenta recargar la página del formulario.
Saludos.