Proba creando un archivo llamado my.ini en el directorio de instalacion del mysql o en el directorio de windows y en ese archivo escribi:
[mysqld]
port=3306
ft_min_word_len = valor_que_quieras
Despues reinicia el servidor y hace esta consulta para ver si funcionó:
show variables
Si la variable ft_min_word_len tiene el valor que querias, todo anduvo bien
Saludos