Es correcto Tunait, el concepto de CAPAS no es algo de html ni de los estándares web. Es un concepto "abstracto" que se refiere al posicionamiento de elementos en tres dimensiones dentro de un diseño.
Esto puede verse muy claramente cuando se usan programas como Photoshop, donde cada "layer" creado tiene una posición X (horizontal), Y (vertical) y además una posición Z (profundidad).
Esta posición Z es la que permite lograr efectos de elementos que parecen estar "detras" o "delante" de otros.
Con esa idea en mente, nuestros amigos de Macromedia (uaggghh!) usaron el término cuando se encontraron con una posibilidad similar en la construcción de páginas web.
Dicha posibilidad no es otra cosa que la característica de CSS que permite indicarle casi a cualquier elemento sus dimensiones (ancho, alto) y su posición (sea absoluta o relativa) en la página. Además de poder controlar su ubicación en orden de profundidad (z-index).
Por lo tanto, la respuesta a la pregunta original es la siguiente: ¿Que es una capa?
Es cualquier elemento html de bloque que ocupa una posición determinada en el orden de profundidad, vertical y horizontal.
Algunos elementos que NATURALMENTE son considerados como "bloques" son <div>,<p>,<table>,<ul>,<ol>,<blockquote>,<pre>,<if rame>,etc..
Otros elementos que NO son de bloque, pero usando CSS pueden cambiar su tipo de despliegue a "block" son...
<span>,<a>,<img>,<cite>,<strong>,<em>,<input>,<lab el>,<select>, etc...
¿Cómo se hace una capa?
En realidad siempre que se construye una página html se está haciendo una serie de "capas", que aunque tienen las tres "dimensiones" estas aparecen de forma secuencial (una despues de la otra, y así subsecuentemente).
Si queremos MANIPULAR las capas, eso ya es cosa de aplicar estilos para ubicarlas en su posición deseada.
Resumen: No existe tal cosa como "capas" en HTML, sin embargo existe una serie de atributos de los elementos que pueden hacerlos comportarse como capas, y esos atributos son manipulables principalmente desde las hojas de estilo (CSS ó XSLT).
Espero haber ayudado a aclarar esta pregunta
Saludos!