Hola amigo..
Intentastes hacer un replace de las vocáles con acento?
algo asi?
Código PHP:
<?php
$contenido = str_replace("á","á",$contenido);
$contenido = str_replace("é","é",$contenido);
$contenido = str_replace("í","í",$contenido);
$contenido = str_replace("ó","ó",$contenido);
$contenido = str_replace("ú","ú",$contenido);
$contenido = str_replace("Á","Á",$contenido);
$contenido = str_replace("É","É",$contenido);
$contenido = str_replace("Í","Í",$contenido);
$contenido = str_replace("Ó","Ó",$contenido);
$contenido = str_replace("Ú","Ú",$contenido);
?>
y luego envias el correo con el contenido del mismo ya formateado...
Pruebalo y nos dices que tal a ver si es la solución a tu problema..
Saludos...