En estos casos lo habitual es que "la culpa" sea de la base de datos, que cierra las conexiones cuando hace un tiempo que no se utilizan. El "otro culpable" es el pool que para evitar esto suele tener una configuración que: o ejecuta una instrucción tonta periodicamente para mantener la conexion abierta (estilo "select sysdate from dual" en oracle) o cada cierto tiempo comprueba si las conexiones estan abiertas y si no lo estan, las crea de nuevo.
Yo cuando uso el proxool, tiene una propiedad que se llama "house-keeping-test-sql" que es la instrucción a ejecutar periodicamente. Y en pool que creamos nosotros tambien le pusimos propiedades similares. No se en el C3P0 como irá, pero algo parecido debería haber.
Googleando, googleando, parece que esto te ayudará:
http://forum.hibernate.org/viewtopic.php?t=934779