Bueno .. es que no entendistes el funcionamiento de la función system() o similares de PHP ..
Con esas funciones NO vas abrir tu aplicación para que puedas interactuar con ella. Ese tipo de funciones (system() .. etc) se usan para ejecutar procesos tipo "segundo plano" .. procesos tipo: al ejecutar tal.exe .. genera un archivo por otro lado .. o similar. NADA de aplicaciones que tengan que interactuar con el usuario (como las que mencionas).
Si quieres interactuar con aplicaciones windows en un ambiente windows (con PHP corriendo en windows: no funciona en "LINUX"). Tendrás que usar COM:
www.php.net/com
Un saludo,