Tal vez se referia al "problema" que pueda surgir por tocar el sistema de arranque, que al quitar un SO podemos "no entrar" al PC, pero existen medios para acceder a la partición y activarla, a partir de ahi trabajar con la partición donde quede el SO. Pero es especulación, a saber en que estaba pensando la profesora cuando le dijo eso.
También se decia que Partition Magic era peligroso para un PC (Esto lo he oido de muchos 'técnicos' en activo).
Se pueden tener 2 o mas sistemas, facilmente Windows puede gestionar esto, aunque Windows tiene la particularidad de querer "machacar" cualquier inicio que no sea el, se puede y si no tenemos el excelente Boot Magic que nos permitirá tener todas las versiones de Windows (Desde la 95 hasta Vista Beta ) y algunos Linux sin que se dañe nada
De todos modos, no es bueno tocar aquello que no se conoce, si no se tienen datos importantes, adelante...responsabilidad de cada cual, pero si se tiene algo importante y se quiere tener 2 sistemas..."por probar", mejor dejar la cosa como está, hasta que se recopilen los datos básicos sobre gestión de particiones.
Un saludo.